Efter høsten skilles bønnerne fra bærrene. Det foregår ved en af to metoder.
Den ene metode kaldes den tørre metode eller uvasket, ved denne metode tørres bærrene først og bagefter tærskes frugtkødet fra bønnerne.
Den anden metode kaldes den våde metode eller vasket. Ved vasket kaffe skilles frugtkødet fra bønnerne i en maskine, der ved et let tryk skiller bønnerne fra frugtkødet. Derefter lægges bønnerne i en fermenteringstank i et døgns tid. Den lette fermentering der her foregå opløser den resterende slimhinde omkring bønnen samt sætter gang i nogle kemiske reaktionen i bønnen.
Hvilken metode der benyttes har indflydelse på smagen, som regel har vaskede kaffer en mere ren smag samt en delikat syrlighed som de uvaskede kaffer ikke har.
Når bønnerne er skilt fra frugtkødet, kaldes de grønne bønner. Bønnerne bliver inddelt i forskellige størrelser og defekte bønner bliver frasorteret.
Det er som grønne bønner at kaffen fragtes til konsumentlandet, hvor de grønne bønner ristes.